Bioinformatics Rのパッケージ群「Genetics」をインストール
統計解析ソフト「R」を日常的につかっています。
普段はWindowsのデスクトップ上での利用ですが、バッチ処理を回す場合も多いため、Linuxにインストールすることにしました。
### サーバー構成 ###
サーバー：自作
CPU：Cor...
Bioinformatics
Bioinformatics Bioinformatics Perl勉強中～続報～
10/18に書いた、dbSNPのXMLファイルを扱うBioPerlモジュールBio::ClusterIO::dbsnpですが、使用例のコードを走らせても、上手く情報が抽出できないトラブルに遭遇しています。
subsnpなど、XMLの構造は...
Bioinformatics Perl勉強中～Bioinformatics（続）～
PerlでのdbSNPのXMLファイルの取り扱いについて昨日の続き・・・
2006年ごろ（dbSNP Build127当時）に正規表現で抽出するPerlスクリプトは作っていましたが、今回の最新版（Build130）では書式が若干変更されて...
Bioinformatics Perl勉強中～Bioinformatics～
昨日に続き、Perlについて。
ゲノムDNAの多型のうち、一塩基の多型をSNP(Single Nucleotide Polymorphism)といいます。
SNPについての詳細はネットで検索していただくとして、SNP情報は、米国NCBIの...
Bioinformatics Perl勉強中～Webフレームワーク～
最近、時間をつくっては「Perl（特にモダンPerl）」を勉強しています。
「モダンPerl」というのは、オブジェクト指向やここ5年ほどの技術や手法を取り入れた、Perlの書き方のことです。
Perlのオブジェクト指向自体はだいぶ前から...
Bioinformatics バイオ系研究室のサーバー導入～OS・DB編～
昨日までの4日間連続で、「バイオ系研究室のサーバー導入」（松・竹・梅・タイリングアレイ編）と題しまして、
目的ごとにどのような構成のハードウェアを購入したら良いかオススメしてきましたが、
今回はソフトウェア面、特にOSとデータベースについて...
Bioinformatics バイオ系研究室のサーバー導入～タイリングアレイ編～
今日は具体的な事例として、SNPアレイ（illumina社のGoldenGate・Infiniumなど）や
マイクロアレイ（Affymetrix社のチップなど遺伝子発現）を行う研究室の
サーバー導入についてご紹介いたします。
両者を総称し...
Bioinformatics バイオ系研究室のサーバー導入～松～
一昨日の「バイオ系研究室のサーバー導入～梅～」、昨日の「同～竹～」に続き、
今日は松ということで、ハイクオリティのプランをご紹介します。
前提としましては、「高度な（高負荷な）計算を必要とする研究室」ではなく、
専属のIT専門家（バイオイ...
Bioinformatics バイオ系研究室のサーバー導入～竹～
昨日の「バイオ系研究室のサーバー導入～梅～」に続き、
今日は竹ということで、中コストのプランをご紹介します。
前提としましては、「高度な（高負荷な）計算を必要とする研究室」ではなく、
専属のIT専門家（バイオインフォマティシャン）がいなく...
Bioinformatics バイオ系研究室のサーバー導入～梅～
よく頂く相談の一つに
「研究室にサーバーを導入したいが、何を選んだら良いかわからない」
というのがあります。
そこで、松竹梅の3パターンでオススメのプランをご紹介したいとおもいます。
前提としまして、「高度な（高負荷な）計算を必要とする...