Bioinformatics

もう2年以上も前になるんですね。 2009年2月13日のブログで「CentOS5.2にMonoを入れてみた」という記事を書いていました。 最新のCentOS5.6にMono2.10.2をインストールしましたので報告します。 驚くくらい簡単...

4/23(土)に開催されるバイオインフォマティクス勉強会「次世代シーケンサーのデータ解析入門」ですが、定員を6名増やし30名としたにもかかわらず、わずか1日で満員となりました。 お申し込みくださいました皆さま、ありがとうございました。 ...

4月23日(土)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会についての続報です。 おかげさまで、募集開始から一週間足らずで定員24名のところ、26名の方からお申し込みを頂きました。誠にありがとうございました。 そこで急遽、定員を6名増やしま...

4月23日(土)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご連絡です。 私が主催する「バイオインフォマティクス勉強会」ですが、2月は年度末で多忙により見送りましたが、4月は開催させていただきます。 今回のテーマは、「次世代シーケンサーの...

SNPによるGWAS解析を行うソフト「QuickGWAS Academic」をリリースしました。 何度もブログに書いてきましたが、GWAS解析を行うフリーのソフトはいくつか出ていますが、そのほとんど全てがコマンドラインによる操作で、実験研...

大規模なSNPタイピングが比較的安価にできるようになってきました。 SNPタイピングコストは1検体当たり10万円前後が相場で、1度に数十万SNP～250万SNPのタイピングが可能です。 しかし、GWASをやろうとすると1000人規模の検体...

PLINKの使い方やQTL解析の方法もよくご質問いただきます。 PLINKはオープンソースのゲノム解析ソフトで、 SNPのゲノムワイド関連解析（Genome Wide Association Study:GWAS）によく用いられます。 ...

【更新 2018/05/10】リンクを貼り直しました。 Primer3によるプライマー設計についての質問をよくいただきますので、 会社のブログの方にPrimer3の使い方をまとめました。 関連記事をリンクしますので、参考にしていただけた...

先日のブログでも紹介しましたが、Windows上で動作するPerl環境である「Strawberry Perl」を利用しています。 WindowsのPerlで最も有名なものに「Active Perl」がありますが、モジュールの管理にCPAN...

Perlのオブジェクト指向の１実装である「Moose」にトライしました。 バージョンは最新の1.02です。 なお、Linux版（CentOS 5.4 64bit上）でもStrawberry Perl版（WindowsのCygwin上）でも利...