自社サーバー構築で四苦八苦したので、解決方法をメモ。
64GBメモリのサーバーを構築するため、以下の構成のサーバーをサイコムさんで購入。
（＃弊社のサーバーやPCの大半は、サイコムさんで購入しています。）
64GBメモリ構成のBTOが無かったため、メモリ無しで購入し、メモリはArkさんで購入。
RAIDカードも別の会社で購入。
マザー：Asus P9X79 Pro
CPU：Intel Core i7-3930K
メモリ：CMZ32GX3M4X1600C10 DDR3-1600 8GBx4 CL10
SSD：crucial m4 64Gb
HDD：WD20EARX x 4台
RAIDカード：Adaptec 6405E Kit
グラフィック：GeForce GTX560Ti 1GB
オンボードでなく、わざわざ高価なグラフィックカードを選んだのは、CUDAを利用するソフト（SOAP3など）を走らせるためです。
＃NGS業界では、GPGPUを利用するソフトの議論が盛んです。
RAIDカードのドライバーの関係と、業務上のソフトを走らせるため、CentOS6.0は確定。
（最新のCentOS6.2は利用できない）
最新のIntelチップX79のSATAポートドライバーがCentOS6.0には入っていないため、
SSDが見えないやらDVD-ROMが見えないやらとエラーが出て、インストーラーが途中で止まってしまう。
結局、試行錯誤の末、マザー上にあるMarvellチップ（Marvell PCIe 9128）のSATA3.0コネクタにSSDとDVD-ROMを挿すと、無事に認識しました。
グラフィックカードも新しいので、汎用的なVGAドライバーでCentOS6.0をインストール（インストーラー起動時のメニューで2つめの項目を選択）しました。
CentOS6.0用のnVidiaドライバーはこれからインストールします。
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