Bioinformatics

ある医薬品の有効性をみるときに、 薬物の血中濃度を測定することがよくあります。 これには、薬物の血中濃度を扱う薬物動態学（Pharmacokinetics:PK）を用います。 また、薬物の効果は薬物動力学（Pharamacodynamic...

今週に入って3日連続で、Rを使い倒しています。 PerlからRを使うのに、Perlモジュール「Statistics::R」をインストールしたものの エラーが出て動作しなかったので、以下のサイトを参考にバッチから実行しました。 RjpWi...

今日もほとんど一日中Rでした。 Perlスクリプト中でRを使っていますが、 思うように動作しない場合があったりで、試行錯誤中です。 Perlスクリプトの問題か、Rの使い方の問題か、 原因を分析して切り分けないといけませんね。 独立2...

現在取り組んでいる仕事の1つに医療分野の統計解析があります。 近年の医療・バイオ研究の世界は、大量のデータをコンピューターを使って解析する というバイオインフォマティクス（生命情報工学）が必須となってきています。 私はもともとバイオイン...

全角アルファベットを半角に変換するため、Encode.pm（昔のjcode.plやJcode.pm）を調べましたが、これ自体には全角→半角変換する機能は無いようだったので、Unicode::Japaneseを利用しました。 Unicode...

社内ITシステム管理者の１人として、サーバー監視ソフトの導入を検討しています。 Windows・Linux混在なのですが、とりあえずLinuxから。 ネットやSoftwareDesign誌の記事で、「MRTG」や「RRDtool」が良いら...

DBをつかったサーバーアプリを開発するときは、Apache+Perl+PostgreSQLでサーバーを構築しています。 最近CentOS5デビューしたので勝手がわからない面があるのですが、CGI（Perl）からPostgreSQLにアクセ...

遺伝統計学において検出力（Power）は非常に重要な要素です。 SNPをもちいたケース・コントロール研究において、検出力がある程度の大きさ（一般的に80%以上）がないと、その研究の信頼性が疑われます。 検出力は、ケース数・コントロール数...

Windows端末に続きLinuxも変わりました。こちらではCentOS5を使っています。 このCentOSですがRedHat系ということで慣れてはいる（今まではRedHat系のTurbo Linux遣い）ものの敬遠してきましたが、どうや...

１０月から新しい職場に移りました。 そこでの端末がWindows Vista Businessだったため、ついにVistaデビューとなりました。加えてOfficeも2003から操作性が大きく変わった2007になりました。 新しい環境は以前と...