Bioinformatics Primer3によるプライマー設計
【更新 2018/05/10】リンクを貼り直しました。
Primer3によるプライマー設計についての質問をよくいただきますので、
会社のブログの方にPrimer3の使い方をまとめました。
関連記事をリンクしますので、参考にしていただけた...
Bioinformatics
Bioinformatics Bioinformatics Windowsにおけるもう一つのPerl環境「Strawberry Perl」
先日のブログでも紹介しましたが、Windows上で動作するPerl環境である「Strawberry Perl」を利用しています。
WindowsのPerlで最も有名なものに「Active Perl」がありますが、モジュールの管理にCPAN...
Bioinformatics Mooseデビューしました
Perlのオブジェクト指向の１実装である「Moose」にトライしました。
バージョンは最新の1.02です。
なお、Linux版（CentOS 5.4 64bit上）でもStrawberry Perl版（WindowsのCygwin上）でも利...
Bioinformatics Rのパッケージ群「Genetics」をインストール
統計解析ソフト「R」を日常的につかっています。
普段はWindowsのデスクトップ上での利用ですが、バッチ処理を回す場合も多いため、Linuxにインストールすることにしました。
### サーバー構成 ###
サーバー：自作
CPU：Cor...
Bioinformatics Perl勉強中～続報～
10/18に書いた、dbSNPのXMLファイルを扱うBioPerlモジュールBio::ClusterIO::dbsnpですが、使用例のコードを走らせても、上手く情報が抽出できないトラブルに遭遇しています。
subsnpなど、XMLの構造は...
Bioinformatics Perl勉強中～Bioinformatics（続）～
PerlでのdbSNPのXMLファイルの取り扱いについて昨日の続き・・・
2006年ごろ（dbSNP Build127当時）に正規表現で抽出するPerlスクリプトは作っていましたが、今回の最新版（Build130）では書式が若干変更されて...
Bioinformatics Perl勉強中～Bioinformatics～
昨日に続き、Perlについて。
ゲノムDNAの多型のうち、一塩基の多型をSNP(Single Nucleotide Polymorphism)といいます。
SNPについての詳細はネットで検索していただくとして、SNP情報は、米国NCBIの...
Bioinformatics Perl勉強中～Webフレームワーク～
最近、時間をつくっては「Perl（特にモダンPerl）」を勉強しています。
「モダンPerl」というのは、オブジェクト指向やここ5年ほどの技術や手法を取り入れた、Perlの書き方のことです。
Perlのオブジェクト指向自体はだいぶ前から...
Bioinformatics バイオ系研究室のサーバー導入～OS・DB編～
昨日までの4日間連続で、「バイオ系研究室のサーバー導入」（松・竹・梅・タイリングアレイ編）と題しまして、
目的ごとにどのような構成のハードウェアを購入したら良いかオススメしてきましたが、
今回はソフトウェア面、特にOSとデータベースについて...
Bioinformatics バイオ系研究室のサーバー導入～タイリングアレイ編～
今日は具体的な事例として、SNPアレイ（illumina社のGoldenGate・Infiniumなど）や
マイクロアレイ（Affymetrix社のチップなど遺伝子発現）を行う研究室の
サーバー導入についてご紹介いたします。
両者を総称し...