2010-05-17 / 最終更新日時 : 2010-05-17 chemi384 Bioinformatics Primer3によるプライマー設計 【更新 2018/05/10】リンクを貼り直しました。 Primer3によるプライマー設計についての質問をよくいただきますので、 会社のブログの方にPrimer3の使い方をまとめました。 関連記事をリンクしますので、参考 […]
2010-05-08 / 最終更新日時 : 2010-05-08 chemi384 Bioinformatics Windowsにおけるもう一つのPerl環境「Strawberry Perl」 先日のブログでも紹介しましたが、Windows上で動作するPerl環境である「Strawberry Perl」を利用しています。 WindowsのPerlで最も有名なものに「Active Perl」がありますが、モジュー […]
2010-05-05 / 最終更新日時 : 2010-05-05 chemi384 Bioinformatics Mooseデビューしました Perlのオブジェクト指向の１実装である「Moose」にトライしました。 バージョンは最新の1.02です。 なお、Linux版（CentOS 5.4 64bit上）でもStrawberry Perl版（WindowsのC […]
2010-05-03 / 最終更新日時 : 2010-05-03 chemi384 Bioinformatics Rのパッケージ群「Genetics」をインストール 統計解析ソフト「R」を日常的につかっています。 普段はWindowsのデスクトップ上での利用ですが、バッチ処理を回す場合も多いため、Linuxにインストールすることにしました。 ### サーバー構成 ### サーバー：自 […]
2009-10-21 / 最終更新日時 : 2009-10-21 chemi384 Bioinformatics Perl勉強中～続報～ 10/18に書いた、dbSNPのXMLファイルを扱うBioPerlモジュールBio::ClusterIO::dbsnpですが、使用例のコードを走らせても、上手く情報が抽出できないトラブルに遭遇しています。 subsnpな […]
2009-10-18 / 最終更新日時 : 2009-10-18 chemi384 Bioinformatics Perl勉強中～Bioinformatics（続）～ PerlでのdbSNPのXMLファイルの取り扱いについて昨日の続き・・・ 2006年ごろ（dbSNP Build127当時）に正規表現で抽出するPerlスクリプトは作っていましたが、今回の最新版（Build130）では書 […]
2009-10-17 / 最終更新日時 : 2009-10-17 chemi384 Bioinformatics Perl勉強中～Bioinformatics～ 昨日に続き、Perlについて。 ゲノムDNAの多型のうち、一塩基の多型をSNP(Single Nucleotide Polymorphism)といいます。 SNPについての詳細はネットで検索していただくとして、SNP情報 […]
2009-10-16 / 最終更新日時 : 2009-10-16 chemi384 Bioinformatics Perl勉強中～Webフレームワーク～ 最近、時間をつくっては「Perl（特にモダンPerl）」を勉強しています。 「モダンPerl」というのは、オブジェクト指向やここ5年ほどの技術や手法を取り入れた、Perlの書き方のことです。 Perlのオブジェクト指向自 […]
2009-08-14 / 最終更新日時 : 2009-08-14 chemi384 Bioinformatics バイオ系研究室のサーバー導入～OS・DB編～ 昨日までの4日間連続で、「バイオ系研究室のサーバー導入」（松・竹・梅・タイリングアレイ編）と題しまして、 目的ごとにどのような構成のハードウェアを購入したら良いかオススメしてきましたが、 今回はソフトウェア面、特にOSと […]
2009-08-13 / 最終更新日時 : 2009-08-13 chemi384 Bioinformatics バイオ系研究室のサーバー導入～タイリングアレイ編～ 今日は具体的な事例として、SNPアレイ（illumina社のGoldenGate・Infiniumなど）や マイクロアレイ（Affymetrix社のチップなど遺伝子発現）を行う研究室の サーバー導入についてご紹介いたしま […]