2010-05-03 / 最終更新日時 : 2010-05-03 chemi384 Bioinformatics Rのパッケージ群「Genetics」をインストール 統計解析ソフト「R」を日常的につかっています。 普段はWindowsのデスクトップ上での利用ですが、バッチ処理を回す場合も多いため、Linuxにインストールすることにしました。 ### サーバー構成 ### サーバー：自 […]
2009-10-21 / 最終更新日時 : 2009-10-21 chemi384 Bioinformatics Perl勉強中～続報～ 10/18に書いた、dbSNPのXMLファイルを扱うBioPerlモジュールBio::ClusterIO::dbsnpですが、使用例のコードを走らせても、上手く情報が抽出できないトラブルに遭遇しています。 subsnpな […]
2009-10-18 / 最終更新日時 : 2009-10-18 chemi384 Bioinformatics Perl勉強中～Bioinformatics（続）～ PerlでのdbSNPのXMLファイルの取り扱いについて昨日の続き・・・ 2006年ごろ（dbSNP Build127当時）に正規表現で抽出するPerlスクリプトは作っていましたが、今回の最新版（Build130）では書 […]
2009-10-17 / 最終更新日時 : 2009-10-17 chemi384 Bioinformatics Perl勉強中～Bioinformatics～ 昨日に続き、Perlについて。 ゲノムDNAの多型のうち、一塩基の多型をSNP(Single Nucleotide Polymorphism)といいます。 SNPについての詳細はネットで検索していただくとして、SNP情報 […]
2009-10-16 / 最終更新日時 : 2009-10-16 chemi384 Bioinformatics Perl勉強中～Webフレームワーク～ 最近、時間をつくっては「Perl（特にモダンPerl）」を勉強しています。 「モダンPerl」というのは、オブジェクト指向やここ5年ほどの技術や手法を取り入れた、Perlの書き方のことです。 Perlのオブジェクト指向自 […]
2009-08-14 / 最終更新日時 : 2009-08-14 chemi384 Bioinformatics バイオ系研究室のサーバー導入～OS・DB編～ 昨日までの4日間連続で、「バイオ系研究室のサーバー導入」（松・竹・梅・タイリングアレイ編）と題しまして、 目的ごとにどのような構成のハードウェアを購入したら良いかオススメしてきましたが、 今回はソフトウェア面、特にOSと […]
2009-08-13 / 最終更新日時 : 2009-08-13 chemi384 Bioinformatics バイオ系研究室のサーバー導入～タイリングアレイ編～ 今日は具体的な事例として、SNPアレイ（illumina社のGoldenGate・Infiniumなど）や マイクロアレイ（Affymetrix社のチップなど遺伝子発現）を行う研究室の サーバー導入についてご紹介いたしま […]
2009-08-12 / 最終更新日時 : 2009-08-12 chemi384 Bioinformatics バイオ系研究室のサーバー導入～松～ 一昨日の「バイオ系研究室のサーバー導入～梅～」、昨日の「同～竹～」に続き、 今日は松ということで、ハイクオリティのプランをご紹介します。 前提としましては、「高度な（高負荷な）計算を必要とする研究室」ではなく、 専属のI […]
2009-08-11 / 最終更新日時 : 2009-08-11 chemi384 Bioinformatics バイオ系研究室のサーバー導入～竹～ 昨日の「バイオ系研究室のサーバー導入～梅～」に続き、 今日は竹ということで、中コストのプランをご紹介します。 前提としましては、「高度な（高負荷な）計算を必要とする研究室」ではなく、 専属のIT専門家（バイオインフォマテ […]
2009-08-10 / 最終更新日時 : 2009-08-10 chemi384 Bioinformatics バイオ系研究室のサーバー導入～梅～ よく頂く相談の一つに 「研究室にサーバーを導入したいが、何を選んだら良いかわからない」 というのがあります。 そこで、松竹梅の3パターンでオススメのプランをご紹介したいとおもいます。 前提としまして、「高度な（高負荷な） […]