PLINKの使い方やQTL解析の方法もよくご質問いただきます。
PLINKはオープンソースのゲノム解析ソフトで、
SNPのゲノムワイド関連解析（Genome Wide Association Study:GWAS）によく用いられます。
とにかく機能が豊富すぎてどこから手をつけて良いかわからないという話もよく聞きますし、
インターフェースがコマンドライン（CUI）のみなので、なかなか敷居が高いとおもいます。
Mac OS XやLinuxがラボ内にある場合は、導入自体は簡単ですので是非試していただきたいとおもいます。
PLINKのHPにチュートリアルが公開されていますが、それよりさらに入門的な解説を会社のブログの方で公開しています。
GWASだけでなく、QTL（Quantitative Trait Loci）解析を行う手順も簡単ではありますが説明しています。
- QTL解析１ (05/17)
- QTL解析２ (05/18)
- QTL解析３ (05/19)
- eQTL解析 (05/21)
Expression-QTL（eQTL）解析は、マイクロアレイによる遺伝子発現の値をつかってQTL解析を行う方法です。
遺伝子マーカーが数万個、SNPが約100万個ですので、解析は膨大な時間と計算リソースを必要としますが、一度1週間かけて計算してデータベースに登録しておけば、注目する遺伝子のデータをいつでも取り出せる便利さはあります。
少しでもみなさんのお役に立てたでしょうか？
コメント
京都より
DIVAの若林です。
ブログ色々見ましたが、山口さんの頭の中はどうなってるんかとゆう驚きを感じました
たぶん次元の違うダントツに賢い方なのだと思いました。
同い年として、ご活躍を楽しみにしてます！！