バイオ系研究室のサーバー導入～タイリングアレイ編～

今日は具体的な事例として、SNPアレイ（illumina社のGoldenGate・Infiniumなど）や
マイクロアレイ（Affymetrix社のチップなど遺伝子発現）を行う研究室の
サーバー導入についてご紹介いたします。

両者を総称した「タイリングアレイ」での実験では、
以下の点に注意が必要です。

• ファイルサイズの大きなスキャンデータ（画像データ）の保存
• スキャンデータから得られた、生の測定データの保存
• 生データを補正（ノーマライズ）した実データのデータベース化
• NCBIなどの公共データベース（アノテーション、リファレンス）
• 実データの解析
• 検索・閲覧のためのインターフェース
• セキュリティとバックアップ

以上のことから、以下の構成を推奨したいとおもいます。

【構成】
CPU： Xeon 5500番台（2.4GHz～）
メモリ： 8GB～
HDD（内蔵）： 1TB x 2台（RAID 1）→データベース、ファイルストレージ
HDD（外付け）： 1.5TB x 4台（RAID 1+0）。ネットワーク接続。→スキャンデータ保存、バックアップ
OS： 無し（フリーのLinuxであるCentOSやUbuntuを自前でインストール）
UPS： 1200～
形状： タワー型サーバー

【メーカー】
HP： ラインアップ一覧、オススメ機種 “ML330 G6”
オンライン見積非対応。60万円～（推測）。

Dell： ラインアップ一覧、オススメ機種 “PowerEdge T410”
オンライン見積で上記構成だと50万円～60万円。

外付けHDD：TeraStation ラインアップ一覧、オススメ機種 “TS-X6.0TL/R5″（定価 \178,500）

【コメント】

• Dellに問い合わせたところ、HDDの最大容量は1TBで、この容量だとRAID 1+0構成ができない。
• 750GBだと4台でRAID 1+0構成が可能。（未確認情報だが、1.8TBの壁がある？）
• TeraStationでは、1.5TB x 4台のRAID 1+0構成でOK（実効容量 3.0TB）。
• SNPにしても遺伝子発現にしても、解析に必要なデータベースや解析ソフトをどうするかが最大の問題です。→高価だが専用ソフトを購入する　or　自前で構築する
• 個人的には、専用ソフトは「かゆいところに手が届かない」というか、不必要に高機能なわりに、調べたいことが調べられないことが多かったので、自前で構築がオススメです。現在はオープンソースやフリーの解析ツールが揃っています。

【注釈】
「ホットスワップ」と「ホットプラグ」は同じ意味で、稼働中のまま機器（HDDなど）を抜き差しできることです。